在明朝天启元年（1621年）的九月，正值后金的威胁日益严重之际，明政府命水西、永宁二土司征兵赴辽作战。然而，在军饷军粮未发的情况下，四川巡抚徐可求对永宁宣抚司奢崇明调集的两万兵马进行了指责，并要求遣回永宁重新征调。这一决定激起了奢崇明的反抗，他率领这些老弱病残之兵攻占重庆，杀死巡抚徐可求及其他官员。
此时水西安氏首领安尧臣去世，其子安位年幼，由其寡母奢社辉（奢崇明之妹）摄事，大权掌握在她与贵州宣慰司同知安邦彦手中。随着消息传来，奢社辉和安邦彦也举起反旗，他们占领毕节、安顺、沾益等地，一时间西南地区土司纷纷响应。
天启二年（1622年），十万联军围攻贵阳，但被守将李橒坚守十月不屈，最终城中男女数万人饿死，只剩下二百人。当罗乾象收复江安并击败敌军于牛头镇后，将新都据住，以解除围困。朱燮元以胜利者姿态进驻遵义，而王三善则平定了贵阳之围。
天启三年（1623年），朱燮元再次出山为帅，将大势力转移到黔东，与鲁钦相继战死自刎。而到了崇祯元年（1628年），朱燮元被任命为总督五省军务，并亲率大军逼近陆广，用计诱敌深入，最终导致奢崇明、安邦彦阵亡。此时，只剩下水西首领安位，被挟持负险顽扰。
朱燮元因此部署四面迭攻，使得水西乏粮坐困。一百多天后，当疲惫的百姓见无望而乞降时，这场名为“阿哲起兵”的战争终于画上了句号。在这场冲突中，不仅是土地与生命被毁灭，还有一个小小的心灵世界悄然消失——那是一个曾经充满希望的小朝廷。
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