明太祖朱元璋统一天下，建立明朝，是中国历史上的一个重要转折点。在这场由他率领的南北战争中，蒙古帝国也逐渐衰弱。然而，在军事上，朱元璋并非没有挑战。早期，他面临着来自各路诸侯、红巾军以及其他反抗势力的威胁。
为了确保自己能够顺利地推行其政治和经济改革，并且在对外征服方面取得进展，朱元璋采取了一系列措施。他实行严格的中央集权制度，对地方官员进行严格的管制，同时通过科举考试选拔人才，以此来稳固自己的政权基础。此外，他还大力发展农业生产，加强国防建设。
在军事上，朱元璋也采取了多种策略。例如，他重用将领，如徐达、常遇春等人，这些将领在后来的战争中发挥了巨大的作用。此外，他还精心设计攻城战术和兵法，使得他的军队在与蒙古人的战斗中占据优势。
元朝末年的混乱局面为明初提供了良好的机会。许多蒙古贵族因为内讧而分裂，他们之间互相争斗，不再有能力有效抵抗入侵者。而当时的一些汉族起义，也由于缺乏组织和领导力，最终被明军所镇压或吸收。
最终，在1356年至1368年间，由于连续不断的战争、疾病流行以及内部矛盾激化等因素，一直困扰着蒙古帝国的心脏地区——大都（今北京）的政府无法继续维持国家运作。大都最终被洪水洗劫，被迫迁往新兴的大同城（今山西大同），但即便如此，该城市仍然很快陷入混乱。这标志着元朝实际控制区域开始缩小，而随后的1380年左右，即使是最后一位可汗图腾帖木儿·额勒贝吉出逃之后，大都依旧遭到破坏，从而彻底结束了辉煌一千余年的蒙古帝国统治，为后来的历史埋下了新的种子。
