元朝军事实力强大，统一中国后对南宋构成了严重威胁。元世祖忽必烈在位期间，积极发动北伐，对南宋进行了多次大规模进攻。尤其是淳安战役、鄂州战役等重大战役中，元军凭借精良的骑兵和火器技术，不断打击南宋国力。
南宋内部矛盾日益激化，加剧了国家的分裂和混乱。由于财政赤字不断扩大，导致官员腐败现象频发，大量税收被贪官污吏侵占，使得国家财政再也难以负担战争开支。而且，在政治上，由于宦官专权、皇帝过度依赖宦官，以至于无法有效地处理国家事务，这进一步削弱了中央集权。
社会经济问题也是造成南宋灭亡的一个重要因素。在战争长期持续的情况下，民众生活困苦不堪，大批人口流失或逃往偏远地区，或陷入贫穷状态，而农耕生产受到了严重破坏。此外，由于贸易路线被切断，与日本、台湾及其他海外地区的联系也逐渐减少，这对于经济发展产生了巨大的影响。
文化上的衰落同样是导致南宋灭亡的一个原因。在文化方面，一方面出现了一些新兴思想，如明心见性等佛教思潮，但另一方面，却有着大量书籍典籍受到破坏或遗失。这不仅影响到学术研究，也使得知识传承受到阻碍，同时还加速了文化古代文明遗产消亡。
最终，当时正统皇帝赵昺在1357年被朱元璋俘虏后，被迫称臣于北方，那段时间内，即便没有正式宣布投降，但实际上已然无力抗拒，从而标志着南宋王朝走向完全灭亡。
