晚年生涯
光绪十年（1884年），爆发“甲申事变”，对时存觊觎之心的日本，乘机出兵。次，李鸿章和伊藤博文订立了《中日天津会议专条》，规定若有重大事变，中日双方出兵需要事先知照。为甲午战争爆发结下祸胎。
光绪二十年（1894年），爆发东学党起义，政府请求中国出兵帮助，李鸿章过于听信驻朝专员袁世凯的报告，认为日本“必无他意”，遂派直隶提督叶志超和太原镇总兵聂士成率军1500人赴朝。不料，日本此后立即向派兵，在朝日军增至8000余人，事态趋于严重。李鸿章为设法避免战争，曾通过英、俄两国出面斡旋，但为日本拒绝。无奈下，只得增派军队入朝，和日本相抗衡。
六月二十三日（公历7月25日），日本军舰在丰岛发动突然袭击，击沉中国运兵船“高升”号，甲午战争爆发。八月十六日（公历9月15日），驻朝陆军在平壤与日军激战数昼夜后溃败，总兵左宝贵战死，统帅叶志超等逃回国内。八月十八日（公历9月17日），北洋舰队与日本海军主力在黄海大东沟附近海域遭遇，丁汝昌执行李鸿章“保船制敌”的方针，但北洋海军弹药不足，在此情况下与日本舰队进行了一场长达5个小时的海上会战，结果极大地影响了战斗力的发挥，也加重了损失的程度”。中舰沉没4艘，日本舰队亦遭重创。此后，清军在鸭绿江、九连城等战场与日军激烈交战，但终未能挡住日军的攻势。
最终，旅顺、威海等重要海军基地失守，北洋水师覆灭。究其原因，北洋舰队的覆灭与朝廷旧官员是分不开的，众大臣将北洋舰队视为李鸿章的私家军，挑拨其与慈禧的关系，提醒慈禧心加戒备。同时掌管户部的翁同龢念与李鸿章私人恩怨时常克扣军费，导致北洋舰队多数舰艇老化，在为慈禧准备的万寿庆典的颐和园中，清朝库银首要用途就是修建颐和园，在财政入不敷出的情况下，想要维护北洋舰队的先进战备是不可能的。另外，丁汝昌战前提出在主要舰船上配置速射炮以抵消日舰速射炮的优势，需银六十万两。李鸿章未批。后北洋舰队在黄海海战中战败，李鸿章才上奏前筹海军巨款分储各处情况：“汇丰银行存银一百零七万两千九百两；德华银行存银四十四万两；怡和洋行存银五十五万九千六百两；开平矿务局领存五十二万七千五百两；总计二百六十万两。”
光绪二十一年（1895年）二月十八日，李鸿章被慈禧太后任命为全权大臣，赶赴日本议和。尽管行前清廷已授予李鸿章割地赔款的全权，但他仍期望“争得一分有一分之益”，与日方代表反复辩论。在第三次谈判后，李鸿章于会住处的路上遇刺，世界哗然，日方因此在和谈条件上稍有收敛。三月十六日，李鸿章伤稍愈，双方第四次谈判，日方对中国赔款2亿5千万两白银(原本是3亿两)，割让辽东半岛及澎湖等要求表示不再让步，日方和谈代表伊藤博文谓，李鸿章面前“但有允与不允两句话而已”。事后日方继以增兵再战进行恫吓。李鸿章等连发电报请示，光绪皇帝同意签约，命令“即遵前旨与之定约”。
据说他在签字前的最后关头，曾经老泪纵横地对使团的美国顾问科士达说：“万一谈判不成，只有迁都陕西，和日本长期作战，日本必不能征服中国，中国可以抵抗到无尽期。日本最后必败求和。”
后人因此对李鸿章高价赞誉，认为他“一把骨头一把泪为清政府省下1亿白银，为清政府的苟延残喘做出了极大贡献”，而实际上倘若李鸿章没有过于抓北洋海军权力与“保船避战”政策，清政府对于北洋海军的经费不至于减少如斯，甲午海战的结局亦有可能改变，而不是窝囊的被全歼于渤海湾海港内。
也正是因为马关签约的强烈刺激，李鸿章发誓“终身不履日地”。两年后他出使欧美各国回来，途经日本横滨，再也不愿登岸，当时需要换乘轮船，要用小船摆渡，他一看是日本船，就怎么也不肯上，最后没有办法，只好在两艘轮船之间架了一块木板，75岁高龄老人，在呼呼悠悠地海面上，毅然决然地蹒跚着步子，慢慢腾腾地挪过去。
1895年3月24日，李鸿章在日本商讨马关条约签定问题时，被刺客小山丰太郎开枪击中左面，血染官服，当场昏倒。一时间，现场大乱，行人四处逃窜，行刺者趁乱躲入人群溜之大吉，躲入路旁的一个店铺里。随行的医生马上替李鸿章进行急救，幸未击中要害，李鸿章复原迅速。行刺事件发生后，日本警方很快抓到了小山丰太郎，据此人供认，他本人是日本右翼团体“神刀馆”的成员。他不希望中日停战，更不愿意看到中日议和，一心希望将战争进行下去，所以决定借刺杀李鸿章，挑起中日之间的进一步矛盾，将战争进行到底。
马关条约签订后，在全国引起强烈反响。康有为等发动公车上书，掀起维新变法的。李鸿章也视马关签约为奇耻大辱，发誓终生不再履日地，并倾向变法。马关条约导致国内民愤四起，而又不能指责清政府为慈禧倾尽国库一心筹备万寿庆典，故将矛头指向了李鸿章，李鸿章就在这样的情形下做了清朝丧权辱国的替罪羊。甲午战后，李鸿章被解除了位居25年之久的直隶总督兼北洋大臣职务，投置闲散。
光绪二十二年（1896年）春，俄皇尼古拉二世举行加冕典礼，李鸿章奉命作为头等专使前往祝贺。在此之前，会同法、德发起三国还辽成功，清廷上下视为救星，包括李鸿章、翁同龢、张之洞在内的元老重臣均倾向联俄。清政府的外交政策也由“以夷制夷”转向“结强援”。同年四月二十二日，李鸿章在莫斯科签订了《》，中俄结盟共同对付日本，并同意修筑西伯利亚铁路经过中国的黑龙江、吉林直达海参崴，口岸对兵船开放，导致整个东北沦为沙俄势力范围。
李鸿章出任粤督期间，北方爆发了义和团运动，英、法等国组成八国联军进行干涉，慈禧携光绪逃至西安，北方局势一片混乱。而东南地区的实力派疆臣如两江总督刘坤一、湖广总督张之洞等，则在邮政大臣盛宣怀联络下，倡导东南互保，即不遵从朝廷的宣战诏书，以保东南半壁不陷入混乱中。李鸿章更是以将朝廷诏书蔑称为乱命的方式促成此事。时局日益糜烂，张之洞等人随后密议“李鸿章大”方案：一旦北京不保，太后与皇上死于非命，到时就共同推举李鸿章出任中国“”以主持大局。
在此期间，经由党人陈少白和李鸿章的幕僚刘学询牵线，李鸿章一度有意与自日本前来策划“两广独立”的孙中山晤面，但由于双方互存戒心而作罢。1900年6月，八国联军入侵，清朝国宣布与各国进入战争状态。朝廷的电报一封接一封地到达南方，要求各省封疆大臣率兵北上共同灭洋。朝廷下诏，将李鸿章由两广总督重新调任为清朝国封疆大臣中的最高职位：直隶总督兼北洋大臣。慈禧的一纸任命是：“着李鸿章为全权大臣。”
清廷再度授李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，并连续电催其北上。李鸿章乘轮船至沪后，以身体不适为由迁延观望，部下及亲属也都劝其以马关为前车之鉴，不要再北上，以免又成为替罪羊。直至7月30日，北方局面实在无法收拾，慈禧在逃亡途中电催李鸿章北上。1900年8月15日，清朝国都城沦陷，政府和朝廷逃亡。9月29日，李鸿章到达天津。10月11日，李鸿章到达北京。由于心理压力巨大，李鸿章病倒了，他在拜会英、德公使后回贤良寺的路上受了风寒，一，故作拖延以“漫天要价”的联军沉不住气了，他们唯恐朝廷再也没人来收拾这个烂摊子，一个耗尽“中国财力兵力”的“议和大纲”终于出笼。1901年1月15日，李鸿章和庆亲王奕劻在“议和大纲”上签字。国人声讨又起：“者秦桧，误国者李鸿章！”
李鸿章开始咳血了，他知道自己的时日不多，李鸿章想尽快地结束谈判。可“议和大纲”签字后，联军并没有撤军的迹象。各国的态度是：必须把赔款的数额定下来。此时的李鸿章已经没有力气与洋人争来争去了，他已经吐到了“濒危”的程度，已没有精力面对面与洋人再论长短了。李鸿章躺在病榻之上，指挥着下级官员把损失降到最低点———从一开始提出的10亿两白银降到4亿5000万两，分39年还清，年息4厘；4亿5000万两，是对4亿5000万中国人所定的数字，“人均一两，以示侮辱”。李鸿章接受了这个侮辱。
1901年（光绪二十七年）签订《辛丑条约》。李鸿章在签字回来后大口大口地——“紫黑色，有大块”，“痰咳不支，饮食不进”，被诊断为胃血管破裂。而后病逝北京，诏赠太傅，晋封一等侯爵、谥文忠，赐白银五千两治丧，在其原籍和立功省建祠10处，京师祠由地方官员定期祭祀。清代汉族官员京师建祠仅此一人。他被慈禧太后称赞为“再造玄黄”之人，享年79岁。
