对石达开的出走，因限于资料，说法甚多，至今仍是一个难解的千古之谜。石达开出走前，怎样对待洪氏集团的挟制和谋害，他的面前有这样几条道路：取而代之、解甲归田、叛变投敌、束手待毙、率军远征。石达开和他的亲信将领，对当时形势是非常清楚的，深知他们不可能以“愚忠”来取得洪秀全的谅解和信任。
有谋士劝他从刘邦诛杀功臣韩信的历史事件中吸取教训，并提出取洪秀全而代之的建议，但石达开以“惟知效忠天王，守其臣节”，坚决予以拒绝。在当时敌我双方生死搏斗的关键时刻，解甲归田，洁身引退的路也是难以走通的，他只好把希望寄托于“唯其妖灭尽，予志复归林”。至于叛变投敌更不是他能干出来的事情，最后只好率军远征，作为解决矛盾的手段。
他认为，只有这样才可以避免另一次内部残杀，以保存力量，还可以另辟根据地，剿除妖魔，开疆报国，这实在是石达开这个农民英雄在无力解决内部矛盾的情况下，选择的惟一出路。
一种说法认为，石达开不顾大局，私自离京搞活动，是另树一帜，另立“太平安国”。石达开的出走引起了清王朝的关注，清廷驻安徽的头目四出侦察打听石达开的动向，并及时向清廷汇报。他们认为石达开“意欲自成一队”，“似欲另立旗帜”。咸丰七年(1857)七月十一日，《福兴奏据探石达开另树一帜江右吃重请增兵协剿片》中有“现据探称，该逆自与洪逆内江后，据守安庆，潜于金柱关等处粘贴伪示，解散金陵旧党，愿从军者即赴安庆，不愿者给川资剃发回籍，示尾署太平安国丁巳元年字样，其为另树一帜，已无疑义。”
苏州博物馆藏有咸丰七年(1857)六月二十八日两江总督何桂清致自娱主人书中，有洪秀全“在金陵惊慌无比，求石逆回救，不惟不允，且回文改号太平安国丁巳元年。”与以上福兴奏中“示尾署太平安国丁巳元年”一致，这说明石达开另立“太平安国”说并非孤证。另一种说法认为，石达开的出走是为了保存力量，挽救。坚持这一观点的学者不同意上述认为石达开另立“太平安国”的观点，而是主张“太平安国”与石达开毫无关系。
其理由主要有三条：第一，石达开在无为州和皖南青陽县所贴告示都未署“太平安国”。在安徽省有关方志中均无“太平安国”的记载。石达开另立“太平安国”说只是孤证，实难令人信服。第二，石达开出走后，虽对太平天国的官制礼文进行更改，但始终应用“太平天国”国号，遵守太平天国的正朔。始终自称洪秀全亲封的“翼王”、“本主将”，其部属一贯呼其为“翼殿”、“翼府”、“五千岁”、“殿长”等等。
另外从石达开本人及其部将遗存的文物、文告、文书来看，也说明石达开虽然出走，但所承担的反清历史使命与洪秀全一直是一致的。直至晚年，石达开一如既往拥护太平天国宗旨，信赖尊敬洪秀全，毫无私自立国与太平天国分庭抗礼的意思。
第三，石达开出走后，洪秀全对石达开的态度以及太平天国官书中对石达开的评价都没有变。天王不忘石达开的开国立功。天王、幼天王在后期所颁的诏旨中，仍对石达开亲切地称呼为“达胞”、“达叔”。可以说，石达开出走主要是出于“吾当远征报国，待异日功成归林，以表愚忠耳”。也就是，石达开的出走是为了保存力量，挽救。
上述观点各执一词，那么石达开出走的真正原因是什么呢，要想解开这一历史之谜，还需要做进一步的研究。
