《明朝那些事》这部作品，许多读者将其奉为“史书”，而提到《明史》，他们便自信满满地说：“当然看过，就两个字还能不认识么？”然而，当他们意识到作者并非真正的学者时，他们便搬出权威学者的名义，比如毛佩琦。他们认为，只要是毛佩琦所说的话，无疑就是金科玉律，但实际上，毛佩琦在《百家讲坛》中讲述的“朱元璋重刑治国之谜”就有明显的错误。
此外，在一些与朱元璋相关的历史事件中，也存在着诸多差错。例如，在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦指出帖木儿国在洪武年间向明朝纳贡，这是一个历史上的错误。洪武年号是由朱元璋使用唯一的一种年号，而洪武之前的大明王朝尚未成立，因此帖木儿国无法向明廷纳贡。
相比之下，那些被人诟骂最多的人物，如隋炀帝杨广，其开创大运河、连接黄河和长江流域两大经济区，对中华民族最终形成牢不可破的整体产生了深远影响，这一点却常被忽视。
至于毛佩奇教授对史料方面的硬伤错误，更是众多。在谈论明成祖时，他声称中国疆域达到空前广阔，但翻阅相关记载显示，这并不完全准确。中国版图从秦始皇统一三万里河山开始，一直经历了西汉王朝扩展至3000万平方公里，再次缩小到353万平方公里，并最终在清代达到最大规模。但这些都被简单地概括为“中国疆域空前广阔”，而实际上，它们涉及的是一个复杂且动态变化的地理政治过程。
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