《明朝那些事》这部小说，许多读者将其奉为“史书”，而提到《明史》，他们便自信满满地说：“当然看过，就两个字还能不认识么？”然而，当他们意识到作者并非真正的学者时，他们便搬出权威学者的名义，比如毛佩琦。这些人并不了解，正是因为毛佩琦在《百家讲坛》中多次指出明史中的错误，这些错误才被揭露出来，以免误导年轻一代。
比如，在讨论朱元璋治国方式时，毛佩琦说官员考核由吏部和督察院负责，这显然是一个历史错误。同样，一些与朱元璋相关的历史细节，也经常被专家指出，如在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦提到的帖木儿国向洪武时期的明朝纳贡，这是不可能的事情，因为洪武之前，大明王朝尚未建立。
与此相反的是，有些历史人物，如隋炀帝杨广，其开辟大运河、连接黄河长江流域两大经济区的成就，却常常遭受批评，但他的确有着重大的历史功绩，使得中华民族最终形成了牢不可破的一体。
至于毛佩奇教授对一些史料方面的表述，有很多硬伤错误，比如说中国在明成祖时期疆域空前广阔，但实际上这种说法并不准确。中国版图在不同的历史阶段会有所变化，比如秦汉时期曾一度达到350万平方公里，而清朝时期国土面积达到了1300.6万平方公里，远超过现代水平。这说明了中国疆域并非始终保持不变，而是在不同的时间段有所扩张或缩小。
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