王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，是一个决定性的一年。它不仅见证了许多重要事件的发生，也展现了一种平淡无奇的气息，仿佛没有任何值得一提的事物。但正是这一年的发展，对中国封建王朝的历史有着深远的影响。
在过去关于明史的叙述中，人们普遍认为国家赋税过重导致民穷，但黄仁宇提出，这并不是问题所在，而是法律和政府管理能力不足造成的问题。两千多年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到顶峰，而黄仁宇通过撰写《万历十五年》，力图阐述这一观点。
在这个时期，大明朝中的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。这其中包括了皇帝自己，在这种体制下，只能采取无为而治。这些人的个性各异，有亮点，也尝试进行改革，但最终失败，并且很多人遭遇革职入狱等惨状。文官集团为了维护自身利益，让国家武备科技革新商业发展陷于停滞。而文官与宦官之间权力的斗争更是加速了大明王朝走向衰败。
从表面上看，万历十五年只是平平淡淡的一年，却隐藏着若干容易被忽略的小事，它们似乎微不足道，但实际上却成为了后来大事发生前兆，同时也是将来波澜壮阔事件产生机缘。在这些关系因果之间，就是历史的一个关键点。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展示了这个落幕帝国悲剧命运，以及历史如何让这些帝王将相成为尘埃。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判了中国以道德代替法律的情况，他指出道德非但不能完全解决问题，还可能带来更大的混乱。他认为，明朝之所以特殊，是因为依赖意识形态作为统治手段，使其渗透到帝国每个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
随着时间推移，即使是在万历十五年的那一年开始，中国与西方之间的差距也逐渐扩大。一边的是西方帝国崛起，一边则是东方帝国日渐衰落，这是一个显而易见却又令人沉痛的事实。
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