在王小波的眼中，万历十五年这本书简直就是“不新的《万历十五年》”，因为1587年的确是中国封建王朝发展的一个关键时期。人们往往会认为那个时代非常艰难，但黄仁宇却不同意这种看法。他认为，并不是国家税收过重造成了民穷，而是法律和政府的低效率。自古以来，中国以道德代替法制到了明朝时达到顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要证明这一点。
在那一年，明朝的重臣们如张居正、戚继光、申时行和海瑞等，他们都以悲剧收场。即便是当时的皇帝，也只能无为而治，因为他们处于一个体制化严密的文官集团之中。在这个集团里，每个人都有自己的特色，但最终都因改革而失败，大多数人还遭受了革职或入狱这样的下场。这群文官为了维护整个集团，让国家武备、科技革新以及商业发展都停滞不前。而文官与宦官之间权力的斗争，更是使得大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一个平淡无奇的一年，只不过，那一年发生了一些历史学家容易忽略的小事件。但这些事件实际上都是导致后来的大事发生，以及将来可能引起动荡的机缘。它们之间复杂的情感纠葛，是历史中的重要关节点。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个帝国末日所展开的人物悲剧命运，最终这些帝王将相被时间抹去。
尽管黄仁宇在书中已经深刻批评了中国以道德代替法律的情况——道德并非完美，它无法取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝特有的标志是在“依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个角落，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。”
从那时候开始，中国与西方之间的差距越发显著！西方正在崛起，而东方则陷入沉沦！
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