王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是中国封建王朝发展的关键时期。传统上，人们认为明朝民穷是由于税负过重，但黄仁宇提出，这并非主要原因，而在于法律和政府的低效率。在两千年的中国历史中，以道德取代法制达到极点，他通过《万历十五年》强调这一观点。
明朝这个时代有著名的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历帝，也只能被束缚于这种文官集团体制之下，无为而治。这样的体制惯性带来了国家的悲哀，每个人都有独特之处，但最终他们试图改革却失败了，大多数人遭到革职或入狱。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备科技革新商业发展停滞不前。
在历史记载中，万历十五年看似平淡无奇，却藏匿着许多容易忽视的小事件，这些事件虽然看似末段细节，却是导致大事发生和未来引发波澜的关键因素。这一系列因果关系恰恰是历史研究的重点。通过对几个关键人物的描绘，《万历十五年》揭示了一个衰落帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相都被时间抹去了痕迹。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德替代法律的情况——道德不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝的一个显著特征就是依赖意识形态作为统治手段，而意识形态渗透到了整个帝国，从强度到广度都是前所未有的。
从1587年的那一刻起，中国与西方之间的差距越来越大。当时西方帝国正在崛起，而东方帝国开始走向衰落。
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