王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是中国封建王朝发展的重要节点。关于明史的叙述常以“税重民穷”为论，但黄仁宇认为，这并非赋税过重所致，而是法律和政府低效造成的结果。在两千年的历史中，以道德取代法制最终在明代达到极端，黄仁宇通过撰写《万历十五年》，力求阐明这一观点。
在万历年间，大臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即使皇帝自己也只能采取无为而治之策，由此可见体制惯性所带来的悲哀。这群文官虽然各有特长且尝试改革，但大多数都遭遇失败，最终遭受革职或入狱之辱。一群文官为了维护集团利益，使国家武备科技革新商业发展停滞不前。而文官与宦官集团的斗争更是导致了大明王朝衰败。
历史上，万历十五年看似平淡无奇，却隐藏着若干容易被忽视的小事件，这些事件虽显微不足道，却是往昔巨变的症结也是未来的机缘。它们之间因果错综复杂恰好反映了历史重点。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展现了这个没落王朝悲剧命运，以及意识形态如何成为帝国统治的手段，在帝国各个方面产生强烈影响。
从那以后，与西方帝国崛起相比，东方帝国开始走向沉沦。这一年标志着中国与西方差距不断扩大，开启了一段深刻而复杂的时代变迁。
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