王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，不仅见证了许多影响深远的事件，也是中国封建王朝发展过程中的一大转折点。过去对明史的叙述往往强调“税重民穷”的说法，但黄仁宇则认为，这并非国家赋税过重所致，而在于法律与政府效能低下。他通过撰写《万历十五年》，旨在揭示这一观点。
在那一年，明朝中的重臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞等人，都以悲剧收场。即便是当时的皇帝万历，他也只能在这种官僚体系中无为而治。这体现了强大的体制惯性所带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着希望，同时尝试进行改革，但最终失败，大多数人遭遇革职或入狱。一群文官为了维持集团平衡，使得国家武备、科技革新和商业发展陷入停滞。文官集团的统治无疑给这个国家带来了不幸，并加剧了宦官集团夺权导致的大明王朝衰败。
历史上看来，万历十五年只是平淡无奇的一年，却隐藏着许多容易被忽略的小事件，这些事件虽然看似微不足道，却是造成后续大事发生的关键因素，也预示着将要引发更多波澜。在《万历十五年》一书中，对几个关键人物的描述展现了那个没落帝国悲剧命运，以及历史如何让这些帝王将相最后消逝。
黄仁宇在书中批判中国依赖意识形态作为统治手段，即使意识形态充斥帝国各个方面，它仍然无法代替技术，更不能代替法律。他认为，明朝的一个特征就是“利用意识形态作为统治工具;意识形态渗透到了帝国每一个角落，无论是在强度还是广度上，都达到了前所未有的水平。
从1587年的那一刻起，以至于西方帝国崛起之际，我们开始注意到中国与西方之间日益扩大的差距。不断变化的地球，在东方帝国沉沦之同时，看到了西方新兴力量的崛起。
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