王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年中发生了许多关键事件，但也可能被视为平淡无奇，甚至没有值得讨论的内容。然而，它正是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调了“税重民穷”的现象，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律和政府的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于阐释这一观点。
在明朝万历年间，那些显赫一时的大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即便是当时的皇帝，在这种文官集团体制下，只能选择袖手旁观。这一切反映出一种深刻的体制惯性所带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，并试图推动改革，但最终失败，大多数人遭遇革职或入狱。在这样的环境下，无论是国家武备、科技进步还是商业发展，都陷入停滞。不懈争斗中的文官集团，其统治对于这个国家而言，无疑是一个不幸的开始。而文官与宦官集团之间权力的交替，更使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一种平常见到的日子，只是在这一年的时间里，大明朝廷上发生了一系列容易被忽略的小事，却恰恰揭示了前此重大事件背后的症结，也预示着将来会掀起波澜的事变。这其中因果关系，是整个历史的一大重点。在《万历十五年》这本书中，我们通过对几个关键人物的描述，可以窥见这个衰落帝国悲剧命运，以及由此产生的人物们最终消逝。
虽然对中国以道德取代法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并不完美，不足以取代技术，更无法完全替代法律。他认为，明朝的一个显著特征，就是依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度来看，都达到了空前的水平。
从那时候起，便开始出现中国与西方之间差距不断拉大的趋势!西方帝国正在崛起，而东方帝国则逐渐走向衰退!
