王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，或许看似平淡无奇，但它是中国封建王朝发展的一个重要转折点。过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法占据了主导地位，而黄仁宇则认为，这并非国家赋税过重所致，而在于法律与政府效能的低下。两千多年的中国历史，到了明代，以道德取代法制达到了极端，其目的就在于阐释这一观点。
那一时代的大臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即便是万历帝，在这样的文官集团体制下，也只能选择无为而治。这彰显了强大的体制惯性带来的悲哀。在他们之中，每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，同时也尝试进行改革，但最终失败，大部分人甚至遭遇革职或入狱的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技创新以及商业发展陷入停滞。而文官与宦官集团之间的斗争更是削弱了大明王朝，让其走向衰败。
历史上，对于万历十五年，我们常将其视作平凡的一年。但实际上，那一年里发生了一些容易被忽略的小事件，它们看似微不足道，却成为了以后重大事件的心结，也是未来动荡时期的种子。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个帝国末日前的悲剧命运，最终这些帝王将相也无法挽回。
虽然黄仁宇在书中已经深刻批评了中国以道德替代法律的情况——道德并非无敌，不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝之所以特殊，是因为它依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到前所未有的水平。
从那一年开始，便逐渐展现出了中国与西方之间差距日益扩大的景象。西方帝国正在崛起，而东方帝国却步履蹉跎地向沉沦走去。
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