王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，是中国封建王朝发展的关键时期。传统上，关于明史的叙述往往强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，这并非国家赋税过重所致，而是法律和政府效能低下的结果。在两千年的中国历史中，以道德代替法制达到了极点，《万历十五年》正是为了说明这一观点。
在这个时期，大明朝有著名的官员如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即使是当时的皇帝，也只能无为而治，由于文官集团体制的固化带来了种种悲哀。每个人都有自己的特点，但他们试图进行改革最终失败，大多数人遭受革职或入狱之苦。这一文官集团导致了国家武备、科技进步和商业发展停滞。而文官与宦官之间权力斗争加剧，使得大明朝走向衰败。
尽管历史上万历十五年被视为平凡的一年，但它记录了若干容易被忽略的小事，却又可能成为未来事件发生的关键。此类因果关系恰恰反映了历史上的重要性。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》揭示了这个帝国走向衰亡的情景，历史最终抹去了这些帝王将相留下的痕迹。
黄仁宇在书中批评了中国依赖意识形态作为统治手段，这种做法无法取代技术，更无法替代法律。他认为，明朝之所以特殊，就是这种意识形态充斥了整个帝国，从强度到广度，都达到了前所未有的水平。
从此刻开始，即1587年的万历十五年起，中国与西方之间的地理差距越来越显著。西方帝国正在崛起，而东方帝国却逐渐陷落。这一年标志着一个时代结束，同时也是另一个时代开始的一个转折点。
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