在1644年清军攻破北京后，明朝的统治中心实际上已经失去了控制。随着李自成领导的农民起义军进入北京并推翻了明朝政府，清军迅速北进，并最终在1645年的夏季占领了中国的大部分地区。这时，南方的一些地方官员和士绅开始组织抵抗，最终形成了一系列独立的小型政权，这些政权合称为“南明”。
南明初期：最初的几个月内，由于各地官员之间的不协调和缺乏有效的中央指挥系统，出现了多个独立的小型政权。这些小规模政权包括广东、福建、江西等地的地方势力，他们试图维护自己的政治存在，并寻求外部援助。
南明中期：随着时间推移，一些更有影响力的领导人逐渐崛起，他们试图重新建立一个统一的国家。如郑成功，他是著名将领郑经之子，以其对抗荷兰侵略者的胜利而闻名。他在台湾建立了一个基地，并企图恢复大陆上的南明统治。
南明晚期：尽管郑成功取得了一定成就，但他的努力最终未能实现对大陆全面控制。在他的去世之后，其子郑克塽继续进行抵抗，但他也无法阻止清军最终征服台湾。此外，大陆上的其他小规模政权相继被清军消灭。
康熙帝与三藩：康熙帝即位后，对待仍然存在的一些反叛势力采取了较为宽容的手段。他通过提拔一些本地豪强来稳定局面，同时也给予他们一定程度上的自治。但是，有几位本地封疆大吏，如吴三桂、尚可喜、耿精忠，因为个人野心或出于民族主义情感，与康熙帝发生冲突，最终被视为叛逆者，被平息。
清廷政策调整：经过一系列斗争和战争之后，清廷意识到需要采取更加严格的手段来巩固其对全国的地缘政治优势。因此，在1690年代末至1700年代初期间，康熙皇帝实施了一系列改革措施，其中包括削弱地方割据势力，加强中央集权，以及改善与边疆少数民族关系等。
结束与遗产：到了1717年，即康熙五十四年，当时所有曾经独立的大部分地区都已经被吸收回帝国范围内。大约在同一时间点，大量文献资料显示，从此以后，“南明”这一概念基本上不再作为官方名称使用，而是成为历史学家们讨论过去事件的一个术语。尽管如此，它留下了深刻的人文景观和文化遗产，为中国乃至世界历史书写下重要一页。
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