族群融合与文化冲突
元朝的灭亡，除了外患之外，也有其内部的种种问题。首当其冲的是族群融合与文化冲突。在蒙古帝国征服中国之后，蒙古人和汉人之间开始了长期的融合，但这种融合并没有形成一个统一的民族意识，而是导致了一系列的社会矛盾。蒙古贵族和官僚机构中出现了大量汉人，这在一定程度上缓解了民族关系紧张，但是也引发了一些新的矛盾。例如，汉人在政治上的地位提升激起了蒙古人的不满，同时也加剧了对异族统治的一般反感。
财政负担过重
元朝后期，由于战争、征服新领土以及维持大规模行政体系所需，都给国家财政带来了极大的压力。这使得政府不得不采取一系列苛捐杂税来弥补不足，这进一步加剧了人民的负担和不满情绪。此外，随着时间推移，一些地方割据势力也不断增长，他们通过贿赂或者暴力手段侵占中央集权下的资源，从而削弱了中央政府对地方实控权。
农业危机与饥荒频发
农业是中国传统经济结构中的支柱产业，当时发生了一系列自然灾害，如洪水、旱灾等，使得农作物产量大幅下降，加上人口增多，对土地资源造成巨大压力，最终导致粮食短缺。这些自然灾害结合起来，不仅影响到农民生活，还直接威胁到了整个社会稳定。当时不断发生的大规模饥荒，如至正年间（1346-1355）那场著名的大饥荒，更是加速了元朝衰落步伐。
社会阶层分化深入
元朝末年，社会阶层分化日益严重。这主要表现在工商界富豪集团和士绅阶级相互勾结，以牟取利益，而普通百姓则遭受双重剥削。不仅如此，即便是在军事方面，由于部队以兵马为本，而非职业化训练，因此军纪松弛常见，此亦成为腐败现象蔓延的一个重要原因。而且，由于战乱频繁，大批逃难的人口涌入城市，无奈之下只能从事低收入工作或流浪街头，这种状况进一步恶化了贫富差距。
外患不断困扰
虽然内忧已十分严重，但元朝还未能摆脱来自周边各国持续打击的问题。一方面，是东北地区如女真人的力量逐渐增强，他们最终建立明朝并推翻元帝制；另一方面，在西方，则有帖木儿帝国及其他邻国频繁侵扰边境，使得防御任务变得异常艰巨。此外，与日本、新罗等国之间争夺海上贸易霸主的地位也是一个长期存在的问题。而这些都让已经疲惫不堪的国家再次陷入困境。
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