明朝衰退的第一道关卡是政治腐败。嘉靖年间，宦官专权，皇帝对外事不闻不问，而宦官们则以此为掩护，贪污腐败现象严重。在这一时期，大量的财政资源被宦官侵占，这直接影响了国家的正常运作和社会发展。
随着时间的推移，经济问题也逐渐显现出来。崇祯年间，由于连年的战乱和内忧外患，加之过度抽税与压榨农民造成了土地荒废、人民流离失所的情况，不仅农业生产力大幅下降，而且国内物价飞涨，使得百姓生活水平极其低下。
在军事方面，明朝也面临着严重的问题。清兵入侵后期，明军装备落后、训练不足，加上士气低落，无力抵抗敌人的进攻。此外，因战争频繁导致国库空虚，从而无法有效地维持和扩充军队，对抗民族危机无力应对。
另外，在文化教育方面，也出现了极大的衰退。书籍出版受到限制，大多数知识分子都被迫远离学术研究，他们转向私塾教授，以满足社会需求。这一情况削弱了知识阶层在社会中的作用，同时也是思想文化发展的一个重要因素。
此外，由于长期战争带来的破坏，以及人口锐减等原因，使得劳动力短缺，对于农业生产是一个巨大的打击。而且由于战争不断，一些地区的人口流失到边疆或逃往其他省份，这进一步加剧了劳动力的短缺问题。
最后，在制度建设上，也存在诸多不足。中央集权制度虽然有利于快速决策，但当遇到复杂问题时，其灵活性就显得十分有限。此外，由于地方行政体系臃肿效率低下，对处理突发事件反应迟缓，因此在面对内部矛盾及外部威胁时难以迅速有效地采取措施进行解决。
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