在洪武五年的某一天，朱元璋翻阅《孟子》时突然大怒，他命令将孟子的牌位逐出孔庙，不得与孔子同享，并威胁那些敢于劝谏的人，将被以不敬论罪。文武百官闻讯，全都惊惶失措。朱元璋虽然对《论语》有深厚的感情，对孔子的思想怀有尊敬之心，但他却对孟子极为反感，这主要基于两个原因。
首先，朱元璋个人的经历使他对文人产生了强烈的反感。他出身贫寒，从放羊到和尚，再到小军官，最终成为国家主宰。这一切成就都是凭借自己的力量，而非学识，因此他深知为了统治需要从文化上下手。但是，他本质上对于文人和文化持有一种抵触情绪，即便是儒生也被视为不可靠。在一次会议中，朱元璋甚至命令使用坚硬的木头制作学习台，以防士人损坏他的办公桌，从此可见他眼中的士人地位微乎其微。
其次，孟子的“民本”思想让朱元璋感到不安。众所周知，孟子说过“民为贵，社稷次之，君为轻”，这意味着人民的地位、国家利益高于君王。君王应以人民服务作为基础，为江山社稷着想。而与孔子提倡的“仁”相比，“民”的概念在孟子的教导中占据更重要位置。孟子认为，只要天子能够实施仁政、爱护人民，就能获得天下的支持。不应强加给人民厌恶的事物。这一点与他的另一个观点相呼应：“得其民有道，则臣视君如腹心；不得其民，则臣视君如寇仇。”这表明，在孟子的眼里，没有绝对的权威关系，而是取决于谁能保护人民谁就是真正的统治者。如果残害百姓，那么这个统治者即使得到天下，也应该被推翻，这正如周武王推翻殷纣王一样，是为了除害而不是犯上作乱。
因此，由于自身文化上的劣势以及对知识分子的先天嫉恨，加之受到“民本”思想刺激，使得朱元璋最终决定撤去孟子的牌位。不过，由于恢复了他的牌位并删减了三分之一左右的书籍内容，可以看作是向抗拒改变的一步妥协。而这一系列事件揭示了当时政治斗争背后的复杂性，以及不同理念之间尖锐冲突所带来的影响力变化。
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