《明朝那些事》这部小说，许多人视之为真正的“史书”，而提及《明史》，人们便自信满满地说：“当然看过，就两个字还能不认识么？”然而，当他们意识到作者并非真正的学者时，他们便搬出权威学者毛佩琦，依赖他的话来证明明朝的伟大和光荣。然而，这些所谓的权威，却存在着多处错误。
比如，在《百家讲坛》中，毛佩琦谈论朱元璋重刑治国时，说官员考核由吏部和督察院负责。这显然是一个历史错误。再比如，《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琦指出帖木儿国在洪武年间向明朝纳贡，但事实上，“洪武”是朱元璋唯一使用的年号，而洪武之前，大明王朝尚未成立，因此帖木儿国怎么可能向其纳贡？
与此相反的是，一直被人诟骂最多的隋炀帝杨广，其疏通大运河，将黄河长江流域两大经济区连接起来，为中华民族创造了牢不可破的一体化经济环境。至于毛佩奇教授认为老百姓血流成河的事实，我们不能苟同。
毛教授在演讲中关于史料方面的问题频发，比如说中国疆域在明成祖时期达到空前广阔，但翻阅相关文献似乎并不支持这一点。中国版图从秦汉到清代经历了不同的扩张阶段：秦始皇统一三晋后基本疆域达300万平方公里；西汉开拓河西走廊20万平方公里，加上云南高原33万平方公里，使得总面积达350万平方公里；而到了清代，则有望达到1300.6万平方公里（不含附属国），虽然其中包含许多无人地带，但比现今960万平方公里的大得多。在历史观念上，看待这些变化，每个人都可以有自己的见解和感受。
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