在清朝顺治七年，明朝降将孔有德攻陷桂林，并改靖江王府为定南王府。顺治九年，农民起义军李定国攻占桂林，孔有德兵败而举火。图为靖江王府。
当尚方宝剑遭遇尚方宝剑
让袁崇焕真正起了杀心的是毛文龙割据东江，不听调度。在天启三年，加封左都督、赐尚方宝剑的毛文龙，其桀骜不驯、拥兵自重、不服节制，与袁崇焕的平辽方略格格不入。一上任，宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，要整饬军纪，袁崇焕认为首先就要解决毛文龙这样的“独立王国”，否则辽东地区的政令军令就无法统一。
作为封疆大吏，手握重兵又孤悬海外，毛文龙俨然就是个“土皇帝”，又怎么能甘心受袁崇焕的辖制和摆布呢？
据李清《袁督师斩杀毛文龙始末》记载，当月二十九日，袁崇焕抵达东江所属岛屿，以致书召见毛文龙。五月初一见面气氛还算融洽，但当话题转入设饷宁远、更定营制等具体问题时，毛文龙却断然拒绝，并表示不接受任何整顿建议。
于是，在六月初五这天，在一个联欢活动中，“校射领赏”期间，由于发现东江官员多姓苗（即名为苗的人），引发了误会，使得 袁崇焕决定设局杀掉毛文龍。他命随从亲兵截开两军，将话题转回更定营制问题上，一声怒喝后，将话题转回到更定营制问题上，再次围住并拿下了毫无戒备的毛文龙及其随行人员，然后用皇帝所赐尚方宝剑斩了他。三千将士慑于军威，没有一个人敢出言相救。
对于此事，有人认为该杀，有人认为不该杀。这场争议一直持续到今天，也分成了三种看法：
第一种意见认为，无论如何也应该杀掉那只恶狼；第二种意见则是说虽然他犯错，但可以宽恕，只需要严惩而不是死刑；第三种意见则是说，即使他有过错也不应如此轻易取其性命，因为这是同室操戈。
然而，从战略角度来看，在当时特殊背景下，这样的行为是极其错误的，对于整个国家都是如此。而且，还有一点需要注意的是，那些正面价值被忽视的事实，比如在后金全师出击时，如能分疲其势，就能使其攻捣徒劳，而如果掌控复州盖州以及东江一带，可以窥辽沈，为全策提供支持。但这些正面价值似乎都被忽视了，而单纯地把目光放在了一些小瑕疵上，是一种极端保守甚至短视的做法。此外，还有人提到，如果没有这种牵制力量，对抗后金可能更加困难。因此，可以推测出这个事件背后的政治动机可能比表面的直接原因要复杂得多，它反映出了对权力的一种追求，以及对个人忠诚与国家利益之间关系的一个深刻探讨。
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