郑芝龙投降清朝的深层动机是，他一生以商业为主，不具备成为国家功臣的志向。起初，他归顺明朝，抱着“归根”的愿望，但随着明朝势力的衰败，他转而寻求更大的利益空间，最终选择了降清。但悲剧的是，即便如此，郑芝龙仍旧在清廷手中找到了死亡。
作为东南沿海的一位传奇海盗，郑芝龙虽然以非法行为闻名，却从未对平民百姓造成过直接伤害，有时甚至提供帮助，如同行家间的劫富济贫。在力量不断壮大后，他建立了一支庞大的舰队，而明朝却无力阻挡他的崛起。
尽管如此，郑芝龙也曾有过为国效命的念头。当明朝招抚时，他果断地向明廷投降。然而，当大清王朝成立后，一人没有反叛意识的他很快再次倒戈。他预见到明朝即将灭亡，并不再能为自己带来任何好处。
然而，郑芝龙并不知道，在大清眼中，他本人几乎没有多余价值。大清之所以优待他，让他升官加爵，是希望通过他影响儿子——那位著名抗击外敌英雄郑成功。但遗憾的是，成熟且坚定不移的郑成功根本听不进父亲的话，这使得原本微薄的利用价值瞬间消失。最终，被禁足于北京城内直至遇刺身亡，那个曾经在东南海域横行霸道、又尝试做政治家的男人，只留下了历史上的一个颇具争议的人物形象。
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