郑芝龙投降清朝的深层动机是，他一生以商为主，不具备为国尽忠的政治抱负。起初，他归顺明朝，寄望于“落叶归根”的情怀。但随着明朝衰败的步伐加速，他意识到投靠清朝将是一条谋求更大利益的捷径，尽管最终他在清廷的手中找不到安宁。
郑芝龙曾经是东南沿海的一位著名海盗，但他的行为风格与常人迥异。他不仅未伤及平民百姓，有时甚至伸出援手，展现出一种奇特的劫富济贫之举。随着势力的壮大，他建立了一支强大的舰队，这对明朝来说几乎无力回天。
然而，郑芝龙也有其向国家贡献自己的愿景。在明朝招抚他的呼声中，他选择了归顺，并一度成为明军的一员。不料，大清王朝崛起，无视反抗清廷意识的郑芝龙很快转而效忠新政权。他洞察到明朝末期即将崩溃，而自己从中获得不了什么实质利益。
然而，即使如此，郑芝龙也无法预见到自己对于大清王朝所能提供价值微乎其微。大清王室之所以优待他并授予高官厚禄，是希望通过他来劝说儿子郑成功接受降服。但令人遗憾的是，郑成功坚定地拒绝了父亲的劝诫，最终导致父亲身上的最后利用价值消失殆尽。因此，被禁足北京直至遇害成为了他的悲惨结局。
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