袁崇焕对不听调度的毛文龙终于忍无可忍，一怒之下先斩后奏把他杀了，消息传出一片哗然。然而，崇祯皇帝却作出了超乎所有人想象的回应——表扬了袁崇焕。
这是个什么信号？袁崇焕诛杀毛文龙的后遗症到底有多大？他有多少是私心？他到底错在哪儿了？
当尚方宝剑遭遇尚方宝剑
让袁崇焕真正起了杀心的，是毛文龙割据东江，不听调度。
要知道，毛文龙是明朝任命的东江总兵，天启三年加封左都督，赐尚方宝剑。毛文龙的桀骜不驯、拥兵自重、不服节制，都与袁崇焕的平辽方略格格不入， 袁崇焕一上任，宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，要整饬军纪， 袁崇焕认为首先就要解决毛文龙这样的“独立王国”，否则辽东地区的政令军令就无法统一。
而作为封疆大吏，手握重兵又孤悬海外， 毛文龙俨然就是个“土皇帝”，又怎么能甘心受袁崇焕的辖制和摆布呢？
据李清《袁督师斩杀毛文龙始末》记载，当月二十九日，上官抵达岛屿，与毛文 龙会面。双方初见气氛还算融洽，但当话题转入设饷宁远，更定营制增设监司等具体问题时，只见蒋公断然拒绝表示：“非我所敢。”同样拿着皇帝赐给的大将器物，他说了一句：“此乃臣子之分，而非臣子之所为。”
于是，上官决定设局以取其死，以正其过。他命随从百余名亲兵与三千将士两军“校射领赏”于岛上，在联欢性质活动中，上官对东江诸位官员一一慰问赏赐，使众喜过望。就在这欢声笑语间，上官暗授计属下，将蒋公截开围住，并突然指挥众将士拿下蒋公及其随行人员，将话题转回更定营制增设监司的问题上，一声怒喝，大张旗鼓，将蒋公拿下剥衣冠。在毫无戒备之际，被擒者束手待毙，无一人敢出言相救。此乃危急存亡之际也！
经过审讯历数十二条罪状，用皇帝所赐尚方宝剑斩去其头颅。这不是同室操戈，是为了民除害吗？直到今日学术界仍争议不休，有人主张该杀，有人主张不可杀，又有人提倡严惩而不可轻生。且看来看往矣！
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