在天启元年（1621年）的秋月，明朝正与后金交战，紧张的军事形势要求四川永宁和贵州水西的土司们征发士兵赴辽东作战。然而，当地的奢崇明和安邦彦却被政府扣留了他们的军饷和军粮，并且指责他们调集来的士兵老弱病残无战斗力。这种不公平对待激起了土司们的愤怒，他们决定反抗中央政权。
奢崇明率领他的部队攻占重庆，杀掉了巡抚徐可求以及其他官员。随着事件的发展，这场叛乱迅速蔓延至合江、纳溪、遵义等地。在此期间，水西首领安尧臣去世，其子安位年幼，由其姑母奢社辉摄理大权。而她与同知安邦彦一同掌控局面，他们闻讯后也加入到反旗之中，并控制了毕节、安顺、沾益等地。
此时，不仅如此，一些其他的地方土司也响应起来，如宋万化自称“罗甸王”，占据龙里。这场由彝族人领导的大规模叛乱，被称为“阿哲起兵”。它持续到了天启三年（1623年），在朱燮元总督五省军务之后才最终得到平定。此时，他利用成都保卫战中的功绩而获得信任，并派遣滇兵进入乌撤以牵制敌方，然后再分三路进攻并包围奢崇明和安邦彦所在地区，最终导致二人阵亡。
整个过程中，朱燮元展现出卓越的指挥能力。他了解到敌人的精确位置，便故意让守将佯败，以诱使敌人深入，然后趁机夹击，使得双方陷入混乱状态，最终取得胜利。此次行动有效地削减了叛军力量，只剩下少数逃散者，其中包括被迫投降的人物，而最后只剩下小孩身边的人仍然顽抗到底，但由于缺乏补给，最终不得不向中央政府投降，从而结束了一场长达十年的动荡局势。
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