在清顺治七年，明朝降将孔有德攻占桂林，改靖江王府为定南王府。次年，农民起义军李定国攻占桂林，孔有德兵败后举火。这一时期，对于不听调度的毛文龙来说，其命运已经被注定。
据《明史·毛文龙传》记载，当时毛文龙作为东江总兵，不仅桀骜不驯，而且拥兵自重，不服节制，这与袁崇焕的平辽方略格格不入。袁崇焕上任后，他首先要解决的就是这种“独立王国”，以便统一辽东地区的政令和军令。
五月二十九日，袁崇焕抵达东江，并致书毛文龙前来会谈。当双方初次见面气氛尚算融洽，但当话题转向设饷宁远、更定营制、增设监司等具体问题时，毛文龙却断然拒绝了这些建议。面对这样一个抗命不从的大将，将领们中谁能容忍？
于是，在六月初五这天，当两军“校射领赏”之际， 袁崇焕决定设局杀掉毛文龍。在这样的联欢活动中，一声怒喝间，将士们围住了他，用崇祯帝所赐尚方宝剑斩了他。然而，此举并未得到朝廷的默许，而是引发了一场关于该杀或是不该杀的问题。
对于此事，有人认为，是因为毛文龙存在十二条罪状，所以可以借别的事由将其处死。而也有观点认为，即使有过错，也不足以判处死刑，更无需私下处决。而且，从战略角度看，在特殊背景下保留这样的力量对于抵御后金军队至关重要。
正如夏允彝所言：“(毛) 文龙当辽事破坏；之后，从岛中收召辽人，牵制金、复、海、盖，有所斩获颇有功。但渐骄恣…” 毛文龙虽然存在过失，但他的牵制作用不可忽视。他掌控复州盖州以及东江一带，以窥辽沈，为全策提供支持。而他的去世，则可能加速了朝廷内部对于如何处理边疆问题的分歧，最终影响到了整个国家的情形发展方向。
因此，我们可以看到，在这个过程中 袁崇焕确实犯了一个巨大的错误——没有正确评估情势，没有考虑到长远利益，只是基于个人权威和立场上的冲突而做出的判断。在这个过程中，他失去了理解历史深度与广度的一部分能力，而只剩下了一种单纯而又危险的心态——独裁者心态，使得自己在最关键的时候迷失方向，最终导致了民族大计受损的一幕发生。
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