然而，这个决定是否正确，却依旧让后世学者们争论不休。
在那个时代，毛文龙作为明朝任命的东江总兵，手握重兵，在天启三年被加封为左都督，并赐予尚方宝剑。他桀骜不驯、拥兵自重、不服节制，与袁崇焕所主张的平辽方略格格不入。在袁崇焕上任后，宁远、锦州、蓟州等地不断发生军事变动，对于整饬军纪和统一政令至关重要。
当时的情形是这样的：清顺治七年，孔有德领兵攻陷桂林，将靖江王府改为定南王府；顺治九年，李定国攻占桂林，孔有德兵败而举火。图为靖江王府。这一切背后的局势复杂多变，而毛文龙与袁崇焕之间的关系，也逐渐演化成了一场关于权力与忠诚的大戏。
据说，当尚方宝剑遭遇尚方宝剑的时候，一场风暴即将爆发。当双方初次面对时，一片融洽之气氛似乎弥合了他们之间的一切分歧，但随着话题转向设饷宁远、更定营制等具体问题，那些看似无害的话语却触及了毛文龙的心灵深处。最终，在六月初五那天，当两军“校射领赏”时，不料阴谋已久置备，就在这欢乐之际 袁崇焕迅雷不及掩耳般行动下，把毛文龙和随行人员截开，然后突然围住他，将话题转回更定营制的问题上。一声怒喝之后，全场士气高涨，他以崇祯帝所赐尚方宝剑斩杀了毛文龙。
这一幕震惊了整个朝廷，大臣们纷纷表态，有人认为此举正义无比，有人则认为这是同室操戈。而对于这个问题，即使是今天，我们也难以做出一个公允的评判，因为历史总是由多元的声音共同书写，每个人都带着自己的立场和情感去解读那些往昔的事情。但有一点可以确定的是，无论如何评价，都不能否认那段时间对于明朝乃至整个中国历史发展具有深远影响。
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