我来告诉你，明朝初期的开国皇帝朱元璋，在南京设立了自己的都城，但他的理想之都是开封。所以，当时的明朝实际上有两个京都：北京和南京。在朱棣夺取皇位后，他将都城迁移到了现在的北京，这可能是为了加强对北方地区的管理，因为北方军事力量很重要。而南京作为孝陵所在地，其经济地位也十分重要。
明朝两京制下的行政机构在两个城市设置基本相同，包括六部、督察院、大理寺等机构。不过，南京还有一套特殊的守备系统，其中守备太监拥有极大的权力，并且代表着皇帝的声音。此外，南京还有一个参赞机务负责协助处理事务。
值得注意的是，尽管名义上两京都都是朝廷官员系统的一部分，但实权主要集中在北京。这意味着留在南京的大臣们只能管理他们所在地以及附近区域的事务，而不能干预其他地方的事情。政策执行也需要通过北京批准才能实施。这一制度设计旨在避免内部冲突，加强中央集权，并确保社会稳定。
