我来重新表述一下这段内容：
当朱元璋刚刚建立明朝时，他在南京的开封府中自称为皇帝，但他心中的首都理想是河南的开封。因此，当时明朝实际上有两个京城：北京和南京。在那时候，北京并不是现在我们所说的北京，而是指河南的开封。
后来，朱棣夺取了皇位，他将都城迁移到了现在的北京，这可能是为了更好地管理北方，因为中国疆域广阔，把都城迁往北方对于加强对北方地区的控制非常有帮助。此外，朱棣在做王爷的时候，其主要统治区域也是北方。
而南京作为孝陵所在地，它的地位虽然有所下降，但对于明朝来说提升其经济等方面的地位至关重要，因此它与北京同样具有重要性。北京作为全国中心，其地位自然领先于其他省份，而南京则被视为经济中心，对社会发展产生重大影响。
关于两 京制如何运作，我们可以看出，在留守在南京的一套完整行政机构。两京都设立了类似的机构，如六部、督察院、大理寺、通政司等，并且还有专门负责防卫事务的官员。但这些机构名义上属于中央政府，却实权有限，只能执行来自北京方面下达的命令。这一制度避免了权力斗争，加强了明朝的统治，并使得两个城市各自扮演着不同的角色，其中一个是政治中心，另一个则是一个文化和商业中心，即便随着时间推移，仍然保持着一定程度上的功能。
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