在明朝初期，朱元璋成为了开国皇帝，并将南京的开封作为暂时的京师。然而，他理想中的京师是河南省的开封，所以尽管北京被称为北京，但实际上那时的北京并非今天我们所说的这座城市，而是河南的开封。当时，明朝有两个京都：一个是在南京，一個是在北京。这两座城市各自承担着不同的职责和功能。
首先，我们需要了解“两京一十三省”这个概念，它指的是明朝对全国区域划分的一种方式，其中“两京”分别指的是北京和南京，而“一十三省”则是指其他十三个行政区。朱棣夺取了皇位后，将都城迁移到了今天我们所说的北京，这可能是为了加强对北方地区的管理，因为中国疆域辽阔，把都城向北迁移对于有效管理北方地区具有重要作用。此外，朱棣在之前曾统治过主要位于北方的地方，因此他的主要统治区域也集中在那里。
与此同时，南京作为孝陵所在地，其地位虽然略逊于北京，但仍然非常重要。在经济方面，南京扮演着十分关键的地位，对于明朝来说提升其地位，无论是在政治还是经济等多个领域，都极具重要性。这也是为什么南宁能够与北京相提并论的一个原因。而北京自然不用说，是朱棣定都之地，其位置自然遥遥领先于其他省份，在他刚开始统治初期稳固自己的统治尤为重要。
接下来，让我们探讨一下明代如何运作其两京都制。这种制度下，不仅设立了完整的行政机构，而且还有一套官制，这些官员都是属于朝廷行政系统，与以往不同的是，它们设置得基本相同，只稍微复杂一些。
每个京都下设有六部、督察院、大理寺、通政司、宗人府、翰林院以及国子监等机构。此外，还设有协同守备和守备太监，他们共同负责留守及防卫事务，其中守备太监拥有极大的权力，即便他们之间没有直接隶属关系，也代表着皇帝意志。不过，从实权来看，大多数情况下这些机构名义上的实权并不大，被动接受来自 北京机构的指导。
从职能范围而言，这些留都机构仅限于管辖范围内进行决策，无权干预其他地区的事务。而且，每当他们提出建议或报告，都必须经过一些部分审批才能呈报给皇帝，由皇帝亲自决定是否实施。总体上，这种制度展现出了一种上下级别关系，使得内部矛盾得到缓解，加强了整个帝国的情报网络。
这样的制度避免了权力斗争，同时也使得社会运行更加顺畅。在随后的时间里，当中心逐渐转移到更靠近中原的地方时，即使如此，双重体系依然保持着一定程度上的功能性。一方面，它提供了一处庇护士气低落或失势的大臣；另一方面，在紧急情况下，可以作为备选之选，以确保国家稳定的运作。
