张献忠入川之举，历史上留下了深刻的争议与奇闻。1645年冬，他下令除大西政权官员家属外，成都城内居民一律杀绝。这场惨剧被两位洋教士目睹，他们描述了那一幕：“见无辜百姓男女被杀，呼号之声，惨绝心目，血流成渠。”尽管安司铎和利司铎恳切地请求张献忠停止屠杀，但他不予理会。
此时，被拘的百姓聚集在南门沙坝桥边，一见到张献忠，他们跪伏在地，齐声悲哭求赦免。然而，这些哀求并没有触动张献忠的心，他反而痛骂他们是私通敌人的叛逆，并命令军士进行处决。在这场屠杀中，无数无辜百姓遭遇悲惨命运，最终造成尸积成山、血流成河的景象。
随后，锦绣蓉城变成了旷野，一片荒凉景象难以形容。城市中的房屋全被纵火焚毁，大明历代诸王所居宫殿及民间房屋均化为灰烬。最后，在出川之前，又令全城四面纵火，将一切转瞬之间烧得焦黑。
出于对行军带来的阻碍考虑，张献忠又敕令次日将所有妇女引至大营外一律杀之。此举除了留下正妻和嫔妃二十人外，其余二百八十名后妃全部遭灭绝。而各营中的妇女，也在同一处集体屠戮，最终有四十万人生命丧失。
这场恐怖的屠杀结束后，张献忠狂喜欲舞，为自己称贺，说已经脱离了妇女带来的束缚，可以无忧前行。但他的狂喜并不长久，他最终因战事告急而死于乱箭射击中。清朝接管成都时，因为找不到原有的政府建筑，只好改设省府到保宁府，而直至顺治十六年才将四川省府迁回原址。
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