张献忠入川之举，历史上留下了许多争议和奇闻异事。1645年冬，他下令除大西政权官员家属外，成都“城内居民一律杀绝”。两位洋教士亲临其境，目睹了这惨绝人寰的一幕。开始时，这两个西方传教士，被安排在东门和城南的城楼上观看。不久，张献忠便分别在城东和城南的空地上，对近二十万无辜市民进行屠杀。安司铎这样回忆道：“见无辜百姓男女被杀，呼号之声，惨绝心目，血流成渠，我心如刀割欲救不能。”此时，当张献忠骑马由南门往东门而来时，他二位司铎皆伏地哀求，不顾他人的请求仍旧不予理睬。
此时被拘百姓无数，在南门沙坝桥边集结，一见到张献忠，他们跪伏于地齐声悲哭求赦云：“大王万岁!大王是我等之王，我等是你百姓，我等未犯国法，为何杀无辜百姓？为何畏惧百姓？我等无军器亦不是兵亦不是敌乃是守法良民乞大王救命赦我众无辜小民”云云。然而献贼的心，如禽兽一般，无哀怜之意反而厉声痛骂，并纵马入人群高声狂吼：“该死该杀之反叛！”随即命令军士动刑。冤呼痛哉！ 无罪百姓齐遭惨杀，最终息静无声。在此过程中尸积成山血流成河，每处皆尸河为之塞无法行船。这场屠戮使得锦绣蓉城顿成旷野，无人居住，一片荒凉景象非笔舌所能形容……
凡城镇村庄房屋皆纵火焚毁，而仓廪山林也遭毁灭四乡无人迹皆成旷野尤以东、西、南三方受害尤甚唯北方独存盖拟由此地出川也。当张献忠离川往陕时，又令全城四面纵火公所私第楼台亭阁，一派通红，有似火海。大明历代诸王所居宫殿及民间房屋均遭焚毁转瞬间川中首府已成焦土人畜化为灰烬。
出发后，他敕令次日将妇女引至大营外一律杀之。此前除了有正后四名外尚有嫔妃三百人除留后妃二十人服役诸事余二百八十尽皆杀绝至于各营妇女齐集一处号令一下乱砍乱杀叫冤哭喊之声震动天地妇女尸身堆积如山血流成为水计是日所kill妇女数多达四十万以上。这场屠戮结束后 张献忠狂喜欲舞并向百官称贺谓已脱妇女扼身无挂累前行無阻定得天下。
两位洋教士还目睹了张献忠的最终结局：西历1647年1月3日，“有探兵入营告急谓满兵马队五人已到营外对面高山矣”，但当他们探听细节时，却发现这是个误报。当晚，由左旁射入直透其心顿然倒地鲜血长流。他在血上乱滚痛极而亡。在他的逝去之后清朝官员接管城市却找不到作廨署屋舍不得不改设保宁府（今阆中县），直到顺治十六年（1659）才将省府迁回成都。
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