元朝初期实行了严格的中央集权制度，虽然能够维持国家的统一，但也导致了地方官吏对上级政府过度依赖，从而削弱了地方自主性和抗击外敌的能力。例如，在黑死病爆发时，元朝中央政府未能及时采取有效措施，而是倾向于命令各地官员提供赈灾资金，这在一定程度上加剧了经济危机。这种中央集权下的缺乏灵活性，使得元朝在面对内忧外患时难以迅速有效应对。
元朝晚期出现了一系列腐败现象，如宦官专权、贪污腐败等，这些问题严重损害了国家治理效率和民众信心。在这个过程中，一些高级官员通过巧立名目、滥用职权来侵占财政资源，导致国库空虚，无力筹措军费和防御装备。这不仅影响到了边疆地区的防务，还削弱了整个国家的整体力量。
元朝末年，蒙古帝国内部分裂为四个主要势力——大都（北京）、南京（今南京）、云南王府和北平王府之间存在着激烈的政治斗争。这些割据势力竞相招募士兵、私设武装，不断扩张自己的势力范围，以此来巩固自己的地位，这种局面使得元廷失去了有效控制边疆地区的情况，从而放弃了一些重要领土，并且无法集中精力抵御来自其他方向的大规模侵袭。
外患方面，由于长期战争以及对周围民族政策上的错误处理，使得元朝周边多个民族产生强烈反抗情绪，最终形成了一系列独立运动或联合起来反抗蒙古人的动态。如明太祖朱元璋领导的一场起义，以及后来的汉族人建立明王朝，最终推翻并驱逐掉蒙古人的统治。此外，对于东北亚乃至欧洲诸国频繁进行远征，也耗费巨额金钱资源，同时还造成相当大的社会矛盾积累，加剧了国内矛盾冲突。
另一个重要因素是自然灾害，如1356年到1368年的黄河决口事件，它不仅摧毁了大量农业生产基础，更直接影响到人口流动与社会秩序。这次自然灾害加剧了农民阶层对于土地改革与更好的生活条件的渴望，为后续由朱棣发起的一系列起义奠定基础，并最终促成了明代开国之事。
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