王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个多面性质的历史时期。它既是中国封建王朝发展的一个重要节点，也可能被看作平淡无奇的一年，因为在这个时间点上并没有发生足以改变历史的大事件。但正是这一年的种种细微之处，反映出了明代社会的复杂性和矛盾。
过去对明史的研究往往强调“税重民穷”的现象，但黄仁宇则认为，这只是表面的问题，其根本原因在于法律体系和政府运作的低效率。他通过撰写《万历十五年》，旨在揭示这种观点，并展示了法律与道德之间关系紧密程度如何影响了国家命运。
在万历时代，大批显赫一时的官员，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。这一群人各有其独特性格，试图推动改革，但最终都未能成功，他们甚至遭遇革职入狱等惩罚。这些文官们为了维护自己的利益集团，最终阻碍了国家武备建设、科技进步以及商业发展，从而导致了社会停滞。他们对国家的统治，无疑开启了一段不幸的篇章，更是加速了大明帝国衰败的事实。
虽然历史学家们通常会忽略这样的小节，却恰恰是在这些看似平凡之事中，我们能够窥见前因后果，以及它们如何成为未来事件爆发的心理预兆。在《万历十五年》中，作者深入探讨了几个关键人物，以此揭示了那个没落帝国悲剧性的命运走向。
黄仁宇在作品中尤其强调中国自古以来以道德取代法律的问题。他指出，在依赖意识形态作为统治工具的情况下，不仅技术无法替代，而且更不能用法律来取代。而且，他认为这是明朝特有的标志——意识形态渗透到帝国每个角落，无论是在强度还是广度上，都达到了前所未有的水平。
从这一刻起，即万历十五年的开始，中国与西方之间日益扩大的差距也逐渐凸显。一边的是西方帝国正在崛起，一边的是东方帝国开始走向衰落。这一年，不仅仅是一个普通的一天，它成为了两大文明世界交汇点，也预示着即将到来的转折点。
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