如果靖难之役失败了，明朝的历史轨迹可能会有所不同。首先，建文帝不具备朱棣那种远见和决断力，因此迁都北京的计划很可能就此搁置，而南京作为政治中心的贵族和辅政大臣也不会支持这项举措。
其次，没有朱棣这样的开拓者，郑和下西洋的航海探险可能就不会再继续，这虽然没有实现壮举，但也省去了大量金钱上的开支。
再者，由于天子在东南地区，不太可能在自己眼皮底下的中国发生倭乱这种问题。
而如果靖难之役成功，那么建文帝有机会削藩成功，使得朝廷对全国的控制力加强。他还会修正朱元璋时代的一些过激措施，以宽仁治国，并且由于他对儒学的重视，明帝国文化可能更加繁荣、氛围更加宽松。
对于北方尤其是西北和东北地区来说，如果没有朱棣征讨，那么蒙古势力的威胁将更加严重，加上远在南京的朝廷，对抗外患时或许表现不出同样的斗志，从而放弃关外，或许甚至采取宋真宗时期那样的檀渊之盟来稳定局面。
另外，由于江浙一带富裕，可以预期海军和海贸将得到增强，同时开放程度也会提高。最后，财政方面，一方面可以节省维持北京城的大量开支；另一方面，在江浙地区征税更为便捷高效，所以财政状况将变得更为充裕，从而能在其他领域如军事投入更多资源。
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