王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也可能被视作平淡无奇甚至毫无重要之处。然而，它恰恰标志着中国封建王朝发展的一个关键时刻。
过去关于明史的叙述往往强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，民众贫困的根本原因并不在于国家征税过重，而在于法律体系和政府能力的低下。两千多年的中国历史中，以道德取代法治达到极点，在明代尤为显著。黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，就是要揭示这一观点。
当时的大臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即便是皇帝万历，他在这种文官集团体制下，只能采取等待而非主动的态度。这一体制所带来的惯性导致了许多悲哀。在他们中，每个人都有其独特之处，既有卓越之举，也尝试进行改革，但最终均告失败，大多数人还遭受革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护集团利益，让国家武备、科技进步和商业发展陷入停滞。不仅如此，文官与宦官之间权力的斗争进一步削弱了大明帝国，使其走向衰败。
历史上看来，这一年只是平凡无奇的一段时间，但却发生了一系列容易被忽略的小事件。这些事件虽然表面上不起眼，却隐含着对前事后果以及未来变革的深远影响。这些因果关系正是历史研究中的重点焦点。而通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展现了这个落寂帝国的情景，以及它那宿命般的悲剧结局。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判了中国以道德替代法律的情况——道德并非万能，不足以替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝的一个显著特征就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从此刻开始，便逐渐显现出东方与西方之间日益扩大的差距！西方帝国正在崛起，而东方帝国则开始走向衰落！
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