明神宗时期，首起波澜的是“张献忠之乱”。张献忠原为陕西提督，因不满朝廷对其猜忌和削权政策，遂于1644年发动兵变。他的叛军迅速席卷四方，最终建立了后来的四川、云南等地的独立政权——张家个体割据。这场内乱导致了全国性的动荡，对清朝统一中国至关重要。
随着清军逐渐控制北京，并在崇祯十七年（1644年）推翻了明朝皇室，明神宗驾崩后，其子朱由检即位，是为靖难后的光武帝。但是，他并未能安定局势，反而因为缺乏政治经验和手段，被迫寻求外援。最终，在李自成领导下的农民起义部队攻占北京，与清军展开激战。在这场混战中，李自成被杀，而朱由检也在逃亡途中遇害，这就是著名的“靖难”事件。
在这个过程中，又出现了一位有着特殊历史地位的人物——吴三桂。他原本是明末将领，以抗击蒙古入侵闻名，但因不满朝廷政策，将自己的兵力转投给了李自成。而后来他又在多次交替之间摇摆不定，最终决定加入顺天府总督吴国昌麾下，为清军提供关键支持，从而帮助顺治帝稳固江山。这场政治博弈深刻影响了整个中国的命运。
另一个重要事件是“王夫之案”，这是一件涉及学术界和政治斗争的一桩丑闻。在这一期间，一些士人为了争夺掌握国家大计的手续，他们利用各种手段进行批评和攻击，有时候甚至直接指控对方谋反。王夫之作为一名思想自由的学者，因为其强烈批评当时政府腐败现象，不得善罢甘休，最终遭到了封禁，这进一步加剧了社会矛盾，使得人们对于传统道德观念与现代社会要求之间存在巨大的冲突感。
最后，还有一则关于“孙承宗之死”的悲剧故事。孙承宗曾经是明末著名的边疆将领，他历经多次征战，对抗各路民族入侵，有功无赏。当他被调到京城担任内阁辅臣时，却因政见不同、与宦官们产生冲突，最终以失意身亡告终。他的死去引发了一阵阵哀愤，也揭示出了晚明中央集权制度下官僚体系内部充斥着重重矛盾与隐患。
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