明太祖朱元璋在建国初期，选择了南京作为首都，这一举措标志着明朝的正式建立。南京不仅地理位置便利，而且历史文化底蕴丰富，是一个极佳的政治中心所在地。
南京成为明朝首都后，随即进行了一系列的大规模城市规划和建设工作。道路宽敞整齐，房屋俱是精致豪华，商业活动也异常繁荣。这一时期的南京，是中国古代城市发展史上的一个重要篇章。
明成化年间（1465-1487），为了进一步强化中央集权和对外防御能力，明朝政府加大了对江淮地区尤其是扬州、苏州等地的投资。在这些地方修筑了大量城墙、水道和仓库，以此来支持国家经济和军事需要。
随着时间的推移，南京逐渐发展成为一个文化艺术的重镇。这里吸引了许多文人墨客，如唐寅、徐祯卿等，他们在这里创作出了许多杰出的文学作品，为后世留下宝贵遗产。此外，还有许多书院如永乐书院等，也为培养人才提供了良好的环境。
明末清初，由于战乱频发，最终导致三百年来的北京被迫迁往北京，而南京再次沦为省会。在这一时期，不仅文化得到了更深层次的地面展开，而且民生问题也得到了一定程度上的改善，但仍然难以摆脱战乱带来的影响。
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