侯方域是明户部尚书侯恂之子，祖父及父辈都是东林党人，均因反对宦官专权而被黜。因此，侯方域科举之路坎坷异常。
崇祯十、十一、十二年亦即戊寅、己卯、庚辰三年，为明朝百毒俱发，势在必亡之时，而南都的繁华，却更胜于昔。“四公子”的名声，即起于此时。十一年南闱乡试，王谢子弟，东林孤儿，连翩入场。陈贞慧、冒辟疆、侯方域皆下第，而不尽关乎文字优劣，如侯方域之被摈，乃第一场策论触犯时忌之故。
《壮悔堂文集》卷八《南省试策一》，有徐邻唐按语：“是科为己卯，朝宗举第三人。放榜之前一夕，而副考以告正考曰：‘此生如以此策入彀，吾辈且得罪。’本房廖公国遴力争曰：‘果得罪，本房愿独任之。’正考迟回良久曰：‘吾辈得罪，不过降级罚薪而已。姑置此生，正所以保全之也。’朝宗遂落。今读其策，岂让刘蒉，千载一辙，良可叹也。”
正主考的意思是，取中侯方域，则磨勘试卷，侯方域将获重罪，是故斥落正所以保全。这个说法，可以成立。因为侯方域这篇策论中，对崇祯有极深刻的批评，试摘数段如下：
“所贵于甘德者，能临天下之谓也。虞书曰：‘临下以简。’而后世任数之主，乃欲于其察察以穷之。过矣！夫天下之情伪，盖尝不可以胜防；而人主恒任其独智，钩距探索其间，其偶得之也，则必喜于自用；其既失之也，必且展转而疑人。秉自用之术，而积疑人之心，天下岂复有可信者哉？”
这开头的一段，便是指崇祯察察为明之故，而非虚空鉴衡，骤作月旦，是有实例为根据的。
崇祯二年十二月，清太宗兵逼北京，宁远巡抚袁崇焕率师赴援。其先，俘获太监二人，清太宗付与汉军旗人高鸿中、鲍承先监收。高、鲍二人遵密计行事，据《清太宗实录》所载如此：“坐近二人，故作耳语云：‘今月袁巡抚有密约，此事可立就矣！’时杨太监者，佯卧，悉记其言……纵杨太监归。杨太监将高鸿中、鲍承先之言，详奏明帝，遂袁崇焕下狱。”
这完全是《三国演义》中“蒋干盗书”故事的翻版。事实上，清太祖时曾将《三国演义》译为满文，作为兵书。清太宗确为有心用此反间计，而居然奏效。孟心史先生对崇祯“竟堕此等下劣诡道，自坏万里长城”，深致感叹。后入读史，尚有余憾，则在当时的侯方域，自更痛心疾首，所以在策论中痛切陈词如此。倘或中式，闱墨发刻，天下皆知，则谤讪君上，必有巨祸。是故“保全”之说，亦不可全视为遁词。
榜发下第，侯方域回家乡，与贾开宗等组织文社，名为“雪苑社”，社友共六人。《李姬传》所谓“雪苑侯生”之雪苑，出处在此。
崇祯十四年，侯恂出狱而侯执蒲病故。这年李自成破南阳，围开封，侯方域奉父避难金陵。下一年归德沦陷，开封被围益急。其时在河南的官兵，以左良玉的实力比较雄厚，但跋扈不听节制，特起侯恂以兵部侍郎总管援汴官军，结果很不理想。
