宋钦宗靖康二年、高宗建炎元年（1127年），李清照44岁。金举南侵，俘获宋徽宗、钦宗父子北去，史称“靖康之变”，北宋朝廷崩溃。五月，康王赵构即位于南京应天府（今河南商丘），改元建炎，是为高宗，南宋开始。是年三月赵明诚因母亲死于江宁（今南京市），南下奔丧。
八月，起知江宁府，兼江东经制副使。北方局势愈来愈紧张，李清照着手整理遴选收藏准备南下：“既长物不能尽载，乃先去书之重大印本者，又去画之多幅者，又去古器之无款识者。后又去书之监本者，画之平常者，器之重大者。凡屡减去，尚载书十五车，至东海，连舻渡淮，又渡江，至建康。”（《金石录后序》）十二月，青州兵变，杀郡守曾孝序，青州剩余书册被焚。（李清照在《金石录后序》中曾这样记载此事：“青州故第，尚锁书册用屋十余间，期明年再具舟载之。十二月，金人陷青州。”此处文字当因在传抄中或夺或衍而臻误。史实应为“青州兵变”。）
当李清照押运15车书籍器物，行至镇江时，正遇张遇陷镇江府，镇江守臣钱伯言弃城而去（《续资治通鉴》卷一0一），而李清照却以其大智大勇在兵荒马乱中将这批稀世之宝，于建炎二年（1128年）春押抵江宁府。
李清照至江宁后，雪日每登城远览以寻诗。周《清波杂志》卷八有云：“倾见易安族人言，明诚在建康日，易安每值天大雪，即顶笠披蓑，循城远览以寻诗。得句必邀其夫赓和，明诚每苦之也。”以宋高宗为首的妥协投降派，借口时世危艰，拒绝主战派北进中原，一味言和苟安。李清照十分不满，屡写诗讽刺，曾有“南来尚怯吴江冷，北狩应悲易水寒”、“南渡衣冠少王导，北来消息欠刘琨”之句。
建炎三年（1129年）二月，赵明诚罢守江宁。三月与李清照“具舟上芜湖，入姑孰，将卜居赣水上”（《金石录后序》）。舟过乌江楚霸王自刎处，清照有感而作《绝句》以吊项羽。以项羽宁肯一死，引颈乌江以谢江东父老的壮烈史迹，对南宋统治者进行讽喻。五月，至池阳（今安徽贵池），赵明诚被旨知湖州。李清照在《金石录后序》中回忆说，赵明诚将“过阙上殿。遂驻家池阳，独赴召。六月十三日，始负担，舍舟坐岸上，葛衣岸巾，精神如虎，目光烂烂射人，望舟中告别。余意甚恶，呼曰：‘如传闻城中缓急奈何。’戟手遥应曰：‘从众。必不得已，先弃辎重，次衣被，次书册卷轴，次古器，独所谓宗器者，可自负抱，与身俱存亡，勿忘之。’遂驰马去”。不幸的是，由于途中感疾，赵明诚竟于八月十八日卒于建康。
赵明诚卒后，李清照为文祭之，文曰：“白日正中，叹庞翁之机捷；坚城自堕，怜杞妇之悲深。”（谢《四六谈麈》卷一）葬毕赵明诚，李清照大病一场。当时国势日急，赵明诚妹婿李擢权兵部侍郎，从卫太后在洪州（今江西南昌）。为保存赵明诚所遗留文物书籍，李清照派人运送行李去投奔他。不料当年十一月，金人陷洪州，所谓连舻渡江之书散为云烟。李清照只好携带少量轻便的书帖典籍仓皇南逃。之后，李清照曾一度往依时任敕局删定官的弟弟李迒。这时传有密论列赵明诚者，有所谓“颁金”之语，李清照以所有铜器等物追随帝踪，希图投进朝廷。颠沛流离中，所余文物又散失大半。
建炎四年（1130年）春，李清照追随帝踪流徙浙东一带。“到台，守已遁。之剡出陆，又弃衣被走黄岩，雇舟入海，奔行朝，时驻跸章安，从御舟海道道之温，又之越。”九月，刘豫在金人扶持下，建伪齐政权。李清照有诗斥之曰：“两汉本继绍，新室如赘疣。所以嵇中散，至死薄殷周。”十一月，朝廷放散百官，李清照到达衢州。
绍兴元年（1131年）三月，李清照赴越（今浙江绍兴），居土民钟氏之家，一夕书画被盗。她悲痛不已，重立赏收赎。至此，所有图书文物大部散失。
绍兴二年（1132年），李清照到达杭州。图书文物散失殆尽造成的巨大痛苦，颠沛流离的逃亡生活给予的无情折磨，使李清照陷入伤痛百般走投无路的绝境。孤独无依之中，再嫁张汝舟。张汝舟早就觊觎她的珍贵收藏。当婚后发现李清照家中并无多少财物时，便大失所望，随即不断口角，进而谩骂，甚至拳脚相加。张汝舟的野蛮行径，使李清照难以容忍。后发现张汝舟还有营私舞弊、虚报举数骗取官职的罪行。李清照便报官告发了张汝舟，并要求离婚。经查属实，张汝舟被除名编管柳州。李清照虽被获准离婚，但宋代法律规定，妻告夫要判处3年徒刑，故亦身陷囹圄。后经翰林学士綦崇礼等亲友的大力营救，关押9日之后获释。（对于李清照改嫁张汝舟之事，后世学者颇有争议。其实，妇女改嫁在宋代前期并不少见，且不影响李清照人品，宋人多家谈及此事，应当可信。古人辩诬之说，实际是受封建礼教观念束缚的结果。）
虽然经历了一场再嫁匪人、离异系狱的灾难，但是李清照生活的意志并未消沉，诗词创作的热情更趋高涨。她从个人的痛苦中解脱出来之后，把眼光投到对国家大事的关注上。绍兴三年（1133年）五月，朝廷派同签书枢密院事韩肖胄和工部尚书胡松年出使金朝。李清照满怀地作古诗、律诗各一首为二公送行。诗中有“欲将血泪寄山河，去洒东山一抔土”之句，表达了反击侵略、收复失地的强烈愿望，充满了关念故国的情怀。
绍兴四年（1134年），李清照完成了《金石录后序》的写作。十月，避乱金华，写成《打马图经》并《序》，又作《打马赋》。虽为游戏文字，却语涉时事。借谈论博弈之事，引用大量有关战马的典故和历史上抗恶杀敌的威武雄壮之举，热情地赞扬了像桓温、等忠臣良将的智勇，暗讽南宋统治者不识良才、不思抗金的庸碌无能，寄寓对收复失地的愿望，抒发了个人“烈士暮年”的感慨。
在金华期间，李清照还曾作《武陵春》词，感叹辗转漂泊、无家可归的悲惨身世，表达对国破家亡和嫠妇生活的愁苦。又作《题八咏楼》诗，悲宋室之不振，慨江山之难守，其“江山留与后人愁”之句，堪称千古绝唱。
绍兴十三年（1143年）前后，李清照将赵明诚遗作《金石录》校勘整理，表进于朝。越十余年，大约在绍兴二十六年（1156年）或者以后，李清照怀着对死去亲人的绵绵思念和对故土难归的无限失望，在极度孤苦、凄凉中，悄然辞世，享年至少73岁。
