政治腐败与中央集权的衰弱
元朝自从忽必烈称帝以来，建立了以大都为中心的中央集权制度。然而，这种制度在长期运作中逐渐显露出了问题。官僚机构庞大，官员多数来自蒙古贵族和汉人士族，他们往往通过特权和贿赂获取职位，从而导致了政治体系中的腐败现象。同时，由于对各地事务管理不善，大量的地方自治实体被削弱，地方势力得到了加强。
军事上的挑战与防线脆弱
元朝军队由蒙古骑兵主导，但随着时间推移，骑兵力量不断减少。而且，由于长期征战，使得元军战斗力下降，同时缺乏有效的补充机制。在边疆地区，如西域、察哈尔等地，对外来侵扰难以有效应对。此外，北方边防遭受明军进攻，以及东南沿海受到红船 pirates 的威胁，都让元朝防线变得异常脆弱。
经济困境与社会矛盾
元代经济虽然取得了一定的发展，但也存在诸多问题。如农业生产增长缓慢，加之自然灾害频发（如1356年的“七年饥荒”），导致粮食产量持续下降；商业贸易受到通货膨胀影响，并伴随着商人阶层崛起，与原有的封建统治阶级之间产生冲突。此外，一些地方豪强借助农民起义势头，将自己的私家土地合并成巨大的庄园，这进一步加剧了社会矛盾。
文化差异与民族关系紧张
元代是不同民族文化相互融合、交流最为广泛的一段时期，但是这种多元文化同样带来了冲突。在政治上，不同民族间由于语言、习俗差异引发争议；在经济上，则因资源分配不均造成民族之间的竞争和摩擦。此外，当地土著人民对于蒙古人的统治感到不满，而这些不满情绪随着时间积累，最终爆发为反抗运动。
内部动荡与百姓疾苦
在政治、经济和社会方面的问题积重难返。当时的人们生活水平普遍低下，大批农民因为贫穷而逃离故乡成为流民，而城市则面临人口激增的问题。这一系列内部动荡使得整个国家陷入混乱状态，同时也为后来的农民起义提供了肥沃土壤。
