在中国历史长河中，南京作为政治、经济文化中心的地位一直不容小觑。明朝几个世纪以来，特别是明初和晚期，都有几次重要的时期，它们分别对南京都城的设立产生了深远影响。
首先，在明初，由于元末战乱导致北京被破坏严重，朱元璋决定将国都迁至大名府（今河南省大名县），后又改称应天府。这一举措标志着南京成为明朝最初的皇帝居住地，并且作为北方政权向江南转移的一个重要象征。随着时间推移，这里逐渐发展成为一个繁荣昌盛的大都市。
其次，在明中叶以后，随着社会矛盾激化和农民起义频发，如李自成领导下的大顺军攻占北京后，一些官员开始提倡迁都到更为安全的地方。在这样的背景下，有人主张将国都迁至江南地区，其中以宁波、苏州等地为选址。但最终并未实施，因为这些地方缺乏足够的地理防御条件以及较强的行政管理基础。而且，那时候北京虽然经历了一系列战乱，但依然具有不可忽视的地理优势，因此最终没有改变首都是北京的事实。
再者，在清兵入关前夕，即崇祯年间（1627-1644）由于战争连年不断，对抗清军失败后的灭亡，也使得一些臣子再次提出迁都计划，而他们看中的目标之一就是曾经作为王朝起点的大都市——南京。然而，这个时期内国家已经动荡不安，没有足够的力量去完成如此巨大的任务，最终也未能实现此想法。
最后，当满洲族建立清朝统治中国之后，他们继承了努尔哈赤所定的一些政策，即继续使用旧有的行政区划系统，并保持了部分汉族官僚体系。这意味着尽管新的统治阶级上台，但对于沿袭传统文化和制度存在一定程度上的认同，使得那些过去曾经被视为可能新建都会地点的地方，如广州、杭州等地，也不再是新的政治中心选择。
综上所述，从不同的历史阶段来看，无论是在明初建立帝国秩序时还是在末年的动荡中寻求稳定的避风港，或者是在其他时代考虑过可能性的都会地点选址，都反映出人们对于“万邦来归”的政治中心所在地的心愿，以及它在当时社会经济结构中的作用及其意义。此外，不管是哪种情况，只要涉及到“明朝几个 设立南京为都”这一主题，其背后的深层原因总体而言往往与当时国内外形势紧密相连，同时也展示出一种人类追求稳定与安全的手段。
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