在崇祯十四年（1641年），由于对抗清军的战争耗费巨大，国库空虚，朝廷内外交困。李自成领导的农民起义势力不断扩大，其军队攻占北京，并迫使崇祯帝自杀。随后李自成建立了自己的政权——大顺政府，但其统治仅持续了两年便被清军所灭。这一过程中，许多官员和士绔子弟纷纷投靠李自成，或是出卖同僚，以保全自己或家族，这种现象在历史上被称为“投降门”。
另一桩著名案件是“南京失陷案”。崇祯十五年（1642年）四月，清军围攻南京期间，有些官员私下里与清军勾结，与之通敌。此时，明朝正处于最危险的时刻，而这些官员却背叛国家，将重要情报泄露给了敌人，最终导致南京城不战而降。
第三个事件是“阉割案”。当时为了巩固皇权，一些宦官通过手段残忍无比地控制着政治局面，他们甚至会将一些反对派人物阉割以示警告。在这种极端的手段下，不少高级官员、学者和文人都遭到了宦官们的牵连和残害，这直接导致了一批有才华的人才流离失所或丧命。
此外，还有一种情况，那就是一些地方上的豪强，他们利用兵荒马乱的情形，在乡村地区进行掠夺和暴行。例如江西巡抚吴良辅，他竟然用手中的兵力侵略邻近省份，从事奸商活动，对百姓造成极大的苦难。这样的例子在各地都有发生，使得整个社会秩序荡然无存。
最后，由于连年的战乱和经济衰败，大量流民涌入城市寻求庇护，但这也引发了严重的问题，比如饥饿、疾病等问题加剧。而政府对于这些问题缺乏有效解决办法，因此很快就演变成了新的社会矛盾，这也是明末社会动荡的一个重要原因之一。
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