南明时期，随着李自成攻破北京，清除了明朝在北方的最后一支力量，明朝被迫南迁。监国之位成为一个重要的政治象征。
明思宗朱由检即位后，由于年幼无力处理国家大事，便将实际统治权交给了宦官魏忠贤。魏忠贤篡夺皇权，将朱由检废为常山王，并自己称帝，但最终遭到群臣反对，被迫自尽。
随后的时间里，有多个监国出现，其中包括唐顺亭、杨嗣昌等人，他们试图稳定局势并恢复国家秩序，但都未能成功。此外，还有如孙传庭这样的军阀也曾短暂地拥有过监国之名，但其影响力和控制范围有限。
最著名的南明监国人物是弘光帝朱聿键，他在1645年的福建绍兴被推举为监国。这段时期虽然政局混乱但也是文化艺术繁荣时期之一，如画家仵英创作的大量作品就是这一时期留下的宝贵遗产。
最后，在崇祯十四年（1641年），福建巡抚黄道周以“奉命讨逆”之名，以非常手段推翻了当时掌握实权的首辅左良玉，然后自己宣布为摄政王。但不久后因失去民心和士兵支持，最终失败而亡。
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