明太祖朱元璋在建文四年（1404年）正式将都城从北京迁至南京，标志着南京成为明朝的首都。这样的决策不仅是政治上的权宜之计，也体现了对江南文化和经济实力的重视。
南京作为新兴的都城，在明初展现出了迅速发展的势头。为了应对人口激增的问题，朱元璋下令扩建城市，并且推行了一系列社会管理政策，如分配土地给贫民、改善水利设施等，这些措施有助于稳定社会秩序和提高生活质量。
明代中期，由于战争和自然灾害造成的人口流失，以及后来的政治动荡，南京逐渐失去了作为全国政治中心的地位。在此期间，不少重要机构被撤出或转移到其他地方，导致南京文化活动也相应减少。
随着时局变化，一些皇帝开始重新关注并投资于南京。如成化三年（1467年），成化帝下令修缮故宫建筑，并且在各地设立学政，以加强文教事业。此外，还有许多书院、道观以及艺术工坊的建立，为城市文化生活带来了新的活力。
但是到了清朝初期，即使是曾经辉煌一时的故宫也遭受了严重破坏，最终只能成为废墟。而随着清政府最终确立自己的统治基础，其它的一些历史遗迹也未能幸免，被拆除或荒废，从而结束了长达近两百年的繁华岁月。
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