内部腐败与中央集权过度
元朝建立后，忽必烈采取了一系列措施来巩固其统治。然而，这些措施往往导致了官僚体系的膨胀和腐败。随着时间的推移，高级官员越来越多地利用职权进行贪污和剥削，一些地方甚至出现了“一府两院”的现象，即一个省份下设两个行政机构，每个机构都有自己的财政来源。这不仅加剧了国家的财政压力，还严重影响了中央对地方政府的控制。
民族矛盾激化与边疆防御问题
元朝是由蒙古人所建立，但它在中国大陆上行使统治，并吸收了大量汉族人口。这种文化和民族之间的差异造成了一系列矛盾。在边疆地区，元军长期对抗西夏、南宋以及其他反叛势力，而这些战争耗费巨大的人力物资。此外，由于缺乏有效管理，对新征服地区的手法往往是用武力强制，以此来维持自己的统治，这也进一步激化了民族矛盾。
经济衰退与社会动荡
元朝晚期经济状况显著衰退。农业生产受到自然灾害和土地兼并等因素影响，农民生活条件恶劣。而商业则因为贸易路线被其他国家占领而受到了极大的打击。此外，由于税收政策过分苛刻，加之连年战乱，大量人民流离失所，他们成为城市中的浮浪者群体，为社会秩序带来了不稳定因素。
政治体制臃肿与效率低下
元朝政治制度复杂繁琐，层级众多，不但增加了行政成本，也降低了决策效率。当时的一些重要政策都是通过皇帝个人决定，其决策过程缺乏透明度，更无法保证政策执行得当。此外，由于忽必烈等前任皇帝留下的遗产，使得后来的皇帝难以迅速调整国策，从而导致国家整体发展陷入停滞状态。
天灾人祸频发与疫病传播
在元末之前，无论是北方还是南方，都经历了一系列严重的地震、洪水、干旱等自然灾害，它们直接或间接地破坏了农业生产基础，加剧了粮食短缺问题。而且，这一时期发生的一次又一次的大规模疫病爆发，如黑死病，其对人口健康造成巨大威胁，对经济活动产生深远影响。在这样一种情况下，即便是最为强大的帝国也不免会受到重大打击。
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