王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。尽管这一年平淡无奇，甚至没有任何值得一提的重大事件，但它却蕴含了决定性的一刻。在过去关于明史的叙述中，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不仅在国家的赋税过重，更在于法律的和政府的低效率与腐败。中国两千年的历史，以道德代替法制的情况，在明代达到了极致，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于揭示这一深层次问题。
明朝万历年的高级官员，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都各具特点，有着闪耀的才华，却都以悲剧收场。即使是当时的大明皇帝也只能选择无为而治，由此可以看到一种强大的体制惯性的宿命感。他们试图推动改革，但最终失败，大部分人还遭受革职或入狱之辱。一群文官为了维护整个集团利益，使国家武备科技创新商业发展陷入停滞。文官集团对大明王朝来说，无疑是一场灾难性的开始，文官与宦官集团之间权力的斗争更是加速了大明帝国衰落。
历史上，我们通常会将万历十五年的故事视作平凡的一幕，但实际上，这一年里发生了一系列容易被忽略的小事，它们看似微不足道，却隐含着后来大事物变的种子。这份因果关系恰恰揭示了历史中的关键要素。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们看到了这个逐渐衰落的大清朝悲剧命运，最终，这些帝王将相所承载的情怀随时间被遗忘。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律的问题——道德并非解决一切问题的手段，它不能取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特有的标志是在于“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国所有方面，无论从强度还是广度来说，都达到了前所未有的高度。
从那一刻起，即萬歷十五年，那个时代开始显现出与西方世界日益扩大的差距。一边是西方帝国正在崛起，一边是东方帝国正步向沉沦。这是一个转折点，是一个时代交接的地方，也预示着未来的风云变幻。
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