王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。这个时间节点上，虽然没有任何显著的事件发生，但它却标志着明朝进入了一个重要的历史阶段。在过去关于明史的叙述中，我们常常听到“税重民穷”的描述，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府机构的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极致，而黄仁宇通过《万历十五年》试图揭示这一问题。
在那个时代，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都有自己的特点，都努力推动改革，但最终都以失败告终，大部分人甚至遭遇革职入狱这样的下场。这一切反映出强大的体制惯性如何导致悲剧。而他们所处的文官集团体制，使得国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞状态。文官与宦官之间权力斗争更是加速了大明王朝的衰落。
尽管万历十五年看似平淡无奇，但其实那一年里发生了一系列容易被忽略的小事，它们实际上是导致后来的重大事件发生并展开机缘。这一连串因果关系正是历史学家研究重点所在。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物形象描绘，我们看到了这个帝国即将崩溃前夕命运悲哀的一面。
黄仁宇在他的作品中已经深刻地批判了中国以道德取胜而非法律，这种方式使得技术无法得到有效应用，并且不能替代法律。他认为，在那个时候，意识形态成为了帝国统治的手段，无论是在强度还是广度上，这都是前所未有的。而就在万历十五年的这一刻，从东方到西方两个世界之间开始出现巨大的差距。西方帝国正在崛起，而东方则渐渐走向衰败。
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