王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。这个时间节点平淡无奇，甚至没有任何值得一提的重大事件，但它却是明朝历史的一大里程碑。
过去关于明史的叙述，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不在国家的赋税过重，而在于法律的缺失和政府的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极致，而他写作《万历十五年》的目的，也在于证明这一观点。
明朝万历年的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即使是万历自己，在这种体制下，只能无为而治。这也反映出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。每个人都各有特点，闪耀着光芒，但他们试图做出的改革最终失败，大部分人还遭遇了革职或入狱这样的下场。一群文官为了整个集团的平衡，让国家武备、科技革新和商业发展陷入停滞。而文官集团的统治让他们对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始；文官与宦官集团夺权，更是使大明王朝走向衰败。
在历史上，万历十五年看似平常，却隐藏着若干被历史学家忽略的小事件，它们看似微不足道，但实际上却是前面发生的大事成因，也预示着将来会掀起波澜。这些因果关系恰恰揭示了历史上的重点。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物描述，看到了这个落寂帝国悲剧命运，以及这些帝王将相所注定的人生归宿。
虽然对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德非但不能取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝之所以独树一帜，是因为“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度，都达到了空前的高度。”
从那时候开始，即便是在西方帝国崛起之际，我们可以看到东方帝国逐渐走向衰落。大 明与西方之间的差距越拉越远，这是一个需要我们深思的问题。
