王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。这个时间节点上，虽然没有任何显著的事件发生，但它却标志着明朝进入了一个重要的历史阶段。在过去关于明史的叙述中，我们常常听到“税重民穷”的描述，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府机构的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极致，而黄仁宇通过撰写《万历十五年》，旨在阐述这一观点。
在万历年间，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。这也反映出当时强大的体制惯性所带来的悲哀。每个人都有自己的特点，都试图进行改革，但最终失败，大部分人还遭受了革职或入狱等处分。一群文官为了维护整个集团利益，使得国家武备、科技革新和商业发展陷入停滞。而文官与宦官集团之间权力的争夺，更是加速了大明王朝衰败。
历史上，万历十五年的确平淡无奇，只是在这一年里发生了一系列容易被忽视的小事件，但这些事件其实是对后来大事产生影响，也预示着将要引发更大动荡的机遇。这一系列因果关系恰恰揭示了历史上的重点。通过对几个关键人物的描绘，《万历十五年》展现了这个衰落帝国的人物悲剧命运，最终还是由历史抹去了这些帝王将相留下的痕迹。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇已经深刻批判——道德并非无能，不仅不能取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝之所以特殊，在于它依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一刻起，即 万历十五年的开始，对中国来说，与西方世界之间差距越拉越远！西方帝国正在崛起，而东方帝国则步履蹉跎地向下坡滑去！
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